داستان فیلم در دهه 1990 لس آنجلس درباره یک پلیس مخفی با توانایی های فراطبیعی است و ....

با الهام از لحن کمدی فیلم‌های «دانشکده پلیس»، آکادمی نینجا مجموعه‌ای از شخصیت‌های خنده‌دار را به تصویر می‌کشد که در حین تمرینات سخت، تفریح و در نهایت شکست‌های سخت در دنیای بی‌رحم هنرهای رزمی، پیوند نزدیکی با یکدیگر برقرار می‌کنند.

بعد از اینکه «راکی» از یکی از رقیبان سرسختش شکست میخورد، «آپولو کرید» سعی می کند روحیه مبارزه او را از نو بسازد...